Baja laboral de autónomos

Cómo funciona la baja laboral si eres autónomo

Última actualización: 22 de septiembre de 2026

Ser autónomo y estar de baja médica plantea dudas distintas a las de un trabajador por cuenta ajena: no hay una empresa que gestione el pago delegado, la base de cotización depende de una decisión propia dentro de un sistema de tramos, y la interacción con la mutua colaboradora suele ser más directa. Este artículo explica el proceso completo dentro del régimen especial de trabajadores autónomos (RETA).

La base de cotización, el punto de partida distinto

Desde la reforma del sistema de cotización de autónomos, la base mensual se fija por tramos de rendimientos netos previstos, revisables varias veces al año. Esa base —no tus ingresos netos reales del mes— es la que determina tu base reguladora diaria en caso de baja, igual que en el régimen general. Si cotizas por una base baja para pagar menos cuota mensual, la prestación por baja médica también será proporcionalmente más baja: es una decisión con consecuencias directas que conviene tener presente. Puedes ver el desarrollo completo de la fórmula en cómo se calcula la base reguladora.

Los mismos tramos legales, aplicados igual

El RETA se rige por la misma escala de porcentajes que el régimen general en contingencia común: no se cobra nada los tres primeros días de baja (salvo mejora voluntaria mediante un seguro complementario, poco habitual), un 60% de la base reguladora entre el día 4 y el 20, y un 75% desde el día 21. En contingencia profesional, si el autónomo tiene cubierta esa contingencia, se aplica el 75% desde el día siguiente al del accidente. Puedes calcular tu importe exacto en la calculadora de baja laboral, seleccionando el modo autónomo.

Quién gestiona el proceso

El parte de baja lo puede emitir el médico del servicio público de salud o, si el autónomo tiene la contingencia profesional cubierta por una mutua, esta última en los casos de accidente de trabajo. El pago de la prestación, a partir del cuarto día, corre directamente a cargo de la mutua o del INSS —no existe la figura del pago delegado por parte de una empresa, porque el autónomo no tiene un empleador que lo tramite—.

¿Sigo teniendo que pagar la cuota de autónomo estando de baja?

Sí, con matices: la obligación de cotizar se mantiene, aunque en determinados supuestos de Incapacidad Temporal de larga duración existe una exoneración parcial de la cuota a partir del segundo mes, gestionada de oficio por la mutua o el INSS en la mayoría de los casos. Conviene confirmar directamente con tu mutua si tu situación entra en ese supuesto, porque no es automático desde el primer día.

¿Puedo facturar mientras estoy de baja?

Como regla general, no: estar de baja médica implica una incapacidad para el desempeño de tu actividad profesional habitual, y facturar u operar con normalidad durante ese periodo puede considerarse compatible únicamente en supuestos muy limitados y debe ser valorado caso por caso. Actuar sin esa cautela expone al autónomo a la pérdida de la prestación y a posibles responsabilidades adicionales.

Recaídas y continuidad de la actividad

Si la baja se prolonga o se repite por el mismo proceso patológico, entran en juego las reglas de recaída y prórroga que son comunes a ambos regímenes: puedes consultarlas en duración, recaídas y prórroga de la baja laboral.